La zona que hablas, para pasar al norte de la M501 tienes que cruzar por el yacimiento. Además pasarla por el norte supone tunelar cosa innecesaria para el rendimiento de la línea. Además el hecho de no hacer la conexión con Brunete no implica dejar Villaviciosa sin Cercanías. De hecho yo lo llevaría desde San José de Valderas o El Soto (que son las poblaciones con las que tiene vinculación) y desde allí continuaría la línea pasando por los pueblos hasta San Martín de Valdeiglesias.
Sobre el ML sí, lo desmantelaría y habría dos opciones: una aprovecharía el terreno e infraestructuras que sea posible para hacer la línea de cercanías hasta Aluche, y la segunda hacer un nuevo trazado conectando con la C5 paralelo a la M40.