Esa es la pregunta del millón. Yo creo que son dos cosas
En el caso de Madrid es sobretodo la desinversión que mencionaban otros foreros para dedicar todos los recursos al AVE, que es más rentable económica y políticamente.
En el resto de redes, a eso se le suma la dejadez de las empresas estatales a las que les da igual lo que pase en un servicio que ven ajeno a ellas. Un gestor de Euskotren, FGC, FGV o SFM está allí donde están los trenes y se está jugando la reputación de su comunidad. A un tío que está en un despacho en Chamartín se la pelan los usuarios de las cercanías de Bilbao o Cádiz, por decir algo.
Un buen caso de estudio son las líneas de ancho métrico, hasta los 80 todas gestionadas por la estatal Feve (ahora en manos del dúo calavera Renfe/Adif), en los 80 varias comunidades piden la competencia de esas líneas y forman las empresas mencionadas arriba. El resultado 40 años después es que las líneas que se quedaron en Feve y luego Renfe/Adif están en la ruina, perdiendo viajeros e incluso amenazando cierre, mientras que las que se traspasaron funcionan muy bien batiendo récords de usuarios.