Doy mi opinión de todas las líneas, en todas las líneas creo que se podrían añadir alguna parada más, y los CIVIS los convertiría en líneas express de verdad:
-C1: Si por mí fuera yo lo ampliaría más allá de Loeches (Torres de la Alameda, Villalbilla, Nuevo Baztán…). La duplicación de Príncipe Pío-Alto de Extremadura con la L6 no me gusta nada. El tramo de Príncipe Pío hasta Móstoles no me termina, yo creo que sería mejor ir paralelo a la C-5 desde Laguna o Aluche hasta San José de Valderas o Alcorcón Central y a partir de ahí se iría hacia Villaviciosa de Odón, Boadilla y las Rozas, también a partir de Villaviciosa se podría hacer un ramal hacia Brunete, Sevilla la Nueva e incluso como objetivo final San Martín de Valdeiglesias.
-C2: en el norte se me ocurre un ramal desde Alcalá o desde Torrejón hacia Ajalvir o Daganzo. Por el medio está bien pero como en la C1 no me gusta la duplicación Príncipe Pío-Alto de Extremadura. Y por el sur me parece correcto, incluso yo lo llevaría hasta Pinto.
-C3/C11: se podrían fusionar las dos líneas. Por el norte se podría hacer un ramal hacia Guadalix de la Sierra y conectar con la C4. Por el sur podría hacerse un ramal por Seseña, Esquivas, Yeles e Illescas. Y el ramal de San Martín de la Vega podría ir hasta Morata de Tajuña, Valdelaguna, Chinchón y Colmenar de Oreja.
-C4: por el sur podría continuar hacia Illescas e incluso se podría hacer un ramal que fuese hacia Valdemoro o Ciempozuelos. Y por el norte, desde Algete se podría ampliar más y desde Pedrezuela podría continuar hacia La Cabrera, Buitrago de Lozoya y conectar con la C3.
-C5: me gusta que se convierta en circular. Se podría ampliar más allá de El Álamo y poner como objetivo Torrijos. Y por Illescas ya he comentado lo que haría con los CIVIS.
-C6 y C7: las pongo juntas porque las dos son circulares. Me gustan las dos, creo que estaría muy bien. Algo que no me gusta es que va a Coslada, no sería mejor por la Nueva Centralidad del Este?
-C8: por Alcalá quizá podría ir hacia Torres de la Alameda. Se podría plantear también un ramal hacia el Aeropuerto, más o menos por donde va la M-12. Por el norte se podría hacer un ramal que vaya hacia Manzanares el Real y continuar hacia Soto del Real. Y los CIVIS ya he comentado lo que haría con ellos.
-C9: podría continuar hacia Buitrago del Lozoya y conectar con más líneas de Cercanías. No sé si es posible pero se podría plantear hacer un ramal hacia Segovia por el Real Sitio de San Ildefonso.
-C10: se podría ampliar más allá del Aeropuerto, hacia La Moraleja y el Hospital Infanta Sofía. Y por el norte podría hacerse un ramal hacia Navas del Rey.
-C12: por el este podría hacerse un ramal para conectar con Alcalá y continuar hacia el norte por Fuente el Saz, Valdetorres, Talamanca, Torrelaguna y Patones. Y por el oeste podría continuar y dividirse, por un lado iría hacia Brunete y Navalcarnero, y por el otro hacia Valdemorillo y El Escorial.
Y ahora comento alguna zona que creo que podría ponerse Cercanías: por los Desarrollos del Sureste e ir hacia Rivas-Arganda-Morata-Perales-Villarejo de Salvanés, podría tener algún ramal hacia Campo Real-Nuevo Baztán y Tielmes-Ambite; y también creo que falta una circular por el municipio de Madrid (más o menos serían la C6 y C7 combinadas) y otra circular más parecida a la M-50. Probablemente se me haya olvidado algún otro sitio más, pero ahora mismo no recuerdo.