Construir todo el proyecto de Herrera sería lo ideal, pero tiene bastantes problemas que lo hacen inviable en mi opinión. Aparte del precio, está la colegiata gótica en medio. Hoy día somos tremendamente conservacionistas, y nuestras intervenciones en patrimonio van siempre en ese sentido. Mover la colegiata, aunque posible (haciéndolo todo aún más caro), va en contra de esa ideología conservacionista actual.
Sin embargo, es evidente que la catedral necesita algún tipo de remate. No tanto por las dimensiones, ya que la afluencia a oficios no es tanta como antaño, sino por embellecimiento. Primero, el altar “provisional” actual se queda pequeño y oscuro ante las dimensiones de las naves construidas. Por otro lado, el lateral hacia la plaza de Portugalete está en estado ruinoso, y pese a ser la zona donde más gente pasa y la zona con más vistas, no existe entrada hacia la catedral.
La situación acual es la siguiente (cutremontaje mío, en color lo construido, sobre el proyecto original):
Se me ocurre una posible intervención que podría “salir del paso” y pudiera ser factible. Sin llegar a ser el proyecto de Herrera, podría ser un buen remate y mejorar notablemente el aspecto actual de la catedral. Sería intentar levantar la cúpula proyectada en lugar del altar actual, junto al transepto hasta dicha cúpula desde el lado de la epístola (plaza de la Universidad).
El problema principal es que una de las pilastras de la cúpula caería dentro de la capilla de San Lorenzo. Sin embargo, en pleno s. XXI probablemente fuese posible montar una cúpula sólo sobre tres pilastras, quizá desplazando el pilar de cabecera hacia medial, más cerca de la capilla de San Lorenzo. La cúpula se elevaría sobre la esquina de la capilla, que se metería un poco hacia dentro de la catedral pero pudiera taparse con algún retablo de grandes dimensiones de nueva factura, con retuerzos como en los retablos rococós. Paro de soñar ya… 
Se debería hacer también una portada desde Portugalete, que entrase a la catedral por la nave del Evangelio.
En conjunto, podría quedar algo resultón, evitando demoler la colegiata (nuevo cutremontaje):
Lo de reconstruir la torre caída también debería plantearse.