Me parece una buena idea. Se podría hacer algo parecido a lo que hizo Munich con la renaturalización de su Isar (bastante adelantada a su tiempo), que hasta mediados de los 90 estaba canalizado de forma similar a la del Manzanares:
Claro que menos ambicioso, porque el Isar no estaba flanqueado por autopistas soterradas (aquí se ve muy bien el antes y el después de las orillas):
Pero cualquier solución es buena. El río enjaulado entre muros de hormigón/granito queda cutre.
PD: todas las fotos las he sacado de esta presentación, donde se explica muy bien todo lo que se hizo en el Isar (en inglés, a veces es difícil material internacional traducido al castellano).